Yamaha melakukan beberapa penyegaran terhadap Yamaha FJR 1300 untuk tahun 2016. Paling utama ialah penggunaan transmisi 6 percepatan yang diusungnya, karena setelah sekian lama motor berkonsep touring ini hanya dibekali oleh transmisi 5 percepatan. Sehingga untuk melakukan touring di kecepatan tinggi pun, putaran mesin bisa lebih rendah.
Motor ini sudah menggunakan teknologi slipper clutch guna mengurangi gejala ban mengunci saat menurunkan gigi secara ekstrem. Teknologi tersebut juga membuat persneling lebih ringan dan halus ketika perpindahan gigi. Dipadu juga dengan per kopling yang lebih pendek sehingga memudahkan pengoperasian.
Dari segi tampilan, motor ini mendapat lampu depan LED. Lalu tiga LED masing-masing di atas kedua lampu utama akan menyala ketika motor menikung. Dengan bantuan sensor inersia yang mengukur sudut kemiringan motor, LED tersebut membantu menerangi sisi dalam jalan ketika membelok.